為什么羊肚菌重茬會有很多危害？
在羊肚菌的營養生長和生殖生長過程中，羊肚菌的子囊果和菌絲體會分泌或釋放某些物質，對下茬羊肚菌的營養生長和生殖生長產生抑制作用，稱為羊肚菌自毒作用。自毒作用在雙孢菇、平菇等食用菌中也是一種普遍存在的現象。自毒作用通過羊肚菌子囊果的淋溶、菌絲在土壤中的分泌和羊肚菌殘體的腐爛與分解等途徑，釋放一些物質進一步來毒害羊肚菌。這些物質到底是什么，作用機制在羊肚菌的系統發育中有何意義等問題，目前還不十分清楚。
從羊肚菌生物學特征來看，羊肚菌屬于一類特殊的腐生性蕈菌，在自然生態系統中，共生性的蕈菌一般都會在原地多年出菇，因為有機營養主要來源是植物體。腐生性的蕈菌在同一個地點連續多年出菇的概率比較低，因為其子實體大量生長以后，會消耗掉該菌喜好的營養物質，分泌出或殘留下對自己生長不利的物質，所以不會連年發生。在同一塑料大棚或地塊中，由于連年，不間斷種植羊肚菌，所引起的羊肚菌子囊果生長發育不正常、產品質量下降、病蟲害嚴重、產量降低的現象。生產實踐表明，重茬次數越多、年頭越長，重茬障礙現象就越嚴重。一般來講，黏性土的重茬問題重于沙性土壤的。
其次，羊肚菌的栽培使土壤及周邊環境中有害蟲卵增加，導致羊肚菌生長發育過程中，蟲害嚴重。種植羊肚菌使土壤中原來的礦質元素平衡被破壞。羊肚菌的生長發育對土壤中的礦質元素的吸收具有選擇性。連年種植羊肚菌，使土壤中礦質元素的平衡被打破，營養元素之間的拮抗作用，會影響到羊肚菌對某些元素的吸收，容易出現生理性病害，最終導致品質與產量下降。
最后，連續種植羊肚菌，有的時候還會使羊肚菌出現有害的元素富集情況。連續種植羊肚菌會使得其菌絲分泌物增加，而且同種羊肚菌菌絲分泌物會對同種食用菌產生明顯抑制作用。其中大量有害病菌附著在大棚內壁、棚膜、設施等器械上。有害病原菌會使羊肚菌的栽培使土壤及周邊環境中害蟲密度增加，造成羊肚菌生長發育過程中的蟲害嚴重。在有害病原菌到達一定數量后會使種植羊肚菌后，土壤中原有礦質元素種類與含量發生變化。羊肚菌的生長發育對土壤中的礦質元素的吸收具有選擇性，連年種植羊肚菌，將使土壤中某些礦質元素的含量下降或缺乏，不再能滿足羊肚菌對某些元素的需求，易出現生理性病害，最終導致羊肚菌品質與產量下降。羊肚菌的種植使土壤中有益微生物減少，有害微生物積累，導致羊肚菌種植過程中，病害嚴重。
怎么解決重茬危害？
進行消毒處理
如果是塑料大棚，要把大棚內壁、棚膜、設施等器械的消毒處理，將濕度增加到70%以上，誘導雜菌和有害微生物孢子萌發。其次是對土壤的消毒處理，在種植羊肚菌結束后，在羊肚菌殘料上澆透水，并噴霧復合益生菌+螯合微量元素+螯合中藥+生物防蟲產品，兩天后澆透大棚內土壤，使之深度達到15公分左右，然后進行高溫悶棚7-15天。老地塊變成新地塊。
如果是平棚，羊肚菌播種前20天，在土壤表面散農藥辛硫磷（用量參照說明書），然后進行旋耕，殺滅土壤中的害蟲。
有些地區的多年種植經驗表明，采用播種之前撒播生石灰的措施進行消毒滅菌，對于降低病害、減輕蟲害成效明顯。生茬地一般每畝用量200斤以上，重茬地每畝用量400~600斤或以上。
使用輪作的方法
結合輪作一個半月的疏菜種植，通過重茬處理，大棚內壁、棚膜、設施等器械上附著大量有害微生物進行了有效的殺滅和控制；羊肚菌廢料上、土壤中的有害微生物進行有效的殺滅及控制，分解掉了上茬羊肚菌菌絲害分泌物，并建立了適合羊肚菌菌絲生長的微生物菌群，補充了土壤的的營養物質和螯合微量元素，增加土壤的通透性和保濕性。
相同地塊避免連續多年種植羊肚菌，可行的方案是種植羊肚菌之后，來年的夏季和冬季到再下一年的夏季種植常規的農作物，到第三年冬季的時候再種植羊肚菌，但不可直接將田地荒廢，此類操作風險最低。
淹水處理
如水稻田，進行水稻耕作，淹水3-4個月。但此方法不適合旱地。實踐證明，在南方地區栽培羊肚菌，羊肚菌收獲以后再繼續栽培水稻，土壤經過連續幾個月的淹水狀態，即厭氧處理以后，殺死了許多有害生物，重新積累營養物質，在水稻收獲以后，又可以栽培羊肚菌。
土地深耕：使用大型翻耕機將土壤深耕至30-40cm，將深層土翻耕至表層，起到換土作用。本措施風險系數最低。特別是在晴朗天氣施撒生石灰后，用旋耕機旋地10-15cm，覆蓋地膜或閉棚，起到悶熱和觸殺作用，可有效殺滅土壤中的蟲卵和病菌。本操作需要羊肚菌種植至少15天前進行，效果較為理想。
此外，應避免使用除草劑，以免影響羊肚菌的正常生長發育。
